Enter the position

# 用户输入待编辑的染色体($chr)和起始位点($start_position)以及编辑模式($edit_pattern),其中编辑模式以/或+或-三种符号开头,后面是具体的碱基序列。
# 若编辑模式以/开头,代表碱基替换,例如/A,则表示将染色体起始位点上的碱基替换成A(被替换的碱基和替换的碱基不能相同,否则操作无意义,后面的代码会进行检查和提示)
# 若编辑模式以+开头,代表碱基插入,例如+ATGCC,则表示在染色体起始位点的碱基后插入ATGCC
# 若编辑模式以-开头,代表碱基删除,例如-GAG,则表示在染色体起始位点的碱基后删除GAG(被删除的序列需要本来就存在,不然无法进行删除,后面的代码会进行检查和提示)
# 例如:对于用户输入的染色体起始位点chr1-943995(943995是碱基C,其后的连续20个碱基分别是GAGAACTCGGCACAGGAGAG)
# 如果要将chr1-943995上的C替换成T,那么用户输入的编辑模式为/T;
# 如果要在chr1-943995上的C之后插入GTATT,那么用户输入的编辑模式为+GTATT;
# 如果要将chr1-943995上的C之后的GAGAACTCGG删除,那么用户输入的编辑模式为-GAGAACTCGG;
# 另外对于PAM($pam_type),让用户可以在网页选择是NGG还是NG这两种的哪种(默认为NGG)
# 对于切口位点到编辑位点的最大距离($dis_nickase),让用户可以在网页选择设定(默认为10)
# 对于PBS的长度范围($min_len_PBS,$max_len_PBS),让用户可以在网页选择设定(默认分别为8,17)
# 对于RT的长度范围($min_len_RT,$max_len_RT),让用户可以在网页选择设定(默认分别为8,24)

 

PAM   Maximum EDIT-TO-NICK DISTANCE     

Maximum PBS length   Maximum RTT length  

Minimum PBS length   Minimum RTT length  

NUMBER of optimal pegRNAS  Assembly  

MINIMUM NICK-TO-NICK DISTANCE  MAXIMUM NICK-TO-NICK DISTANCE  

MINIMUM DOWNSTREAM HOMOLOGY 

Chromosome
Start position
Editing pattern

 

History

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